中殿供奉祖師爺，兩廂分別供奉日、月神，側、後殿皆為兩層式建築，上層將供奉現在中殿裡所供奉分靈的祖師爺，底層則作為辦公室及圖書資料室；而目前後殿之工程則因為都市計劃的關係而仍在磋商中。廟之西側有一戲院，民國六十三年被購下作為石作及木作工場，將來廟落成以後將改建為集會室。
一、建築的樣式
長福巖在乾隆年間建廟時為一小庵堂，道光年間第一次重建則稍具規模，但其樣式已無法考查，第二次重建為合院兩進式廟宇，三川及中殿都是單簷燕尾式；接下來便是民國三十六年的第三次重建。
長福巖的座向是坐壬兼亥，為三進九開間殿堂式廟宇，與艋舺龍山寺相若，中殿居中獨立，和四面的前、後、側殿隔有中庭，而以過水廊和兩廂相連。廟身面寬近三十米，以九開間而言是足夠的，進深約四十米，以三進式而言則是非常不足的（艋舺龍山寺進深約七十米）。
第一進是前殿，中間三川有三個門可供出入，外側圍以劍門； 天公爐置於入口階梯下，而中殿的香爐則放在丹墀前殿處，前殿兩側為五門，東為龍門、西為虎門，五門和兩廂相連，鐘鼓樓位於兩廂上，東為鐘樓、西為鼓樓。前殿與中殿間為丹墀，即中庭，寬約十八米，深約九米，占廟身面積八分之一左右。前殿、側殿、兩廂及過水廊圍繞四周連成一氣，可自各角度欣賞廟宇建築。
中殿供奉祖師爺，兩廂分別供奉日、月神，側、後殿皆為兩層式建築，上層將供奉現在中殿裡所供奉分靈的祖師爺，底層則作為辦公室及圖書資料室；而目前後殿之工程則因為都市計劃的關係而仍在磋商中。廟之西側有一戲院，民國六十三年被購下作為石作及木作工場，將來廟落成以後將改建為集會室。
二、整體的風格
長福巖屬於台灣傳統廟宇後期型的風格，即前殿採三個獨立屋頂的組合，並為五門制 ；此外，在風格上還有幾項特徵：
在李梅樹教授的嚴格要求下，每一個圖樣、成品及漆色都需經他過目才能決定，而李教授也採用了一些西洋風格，比較典雅莊重，有別於傳統的古樸格調。
長福巖的建築、風格和傳統廟宇有明顯不同，約有下列五點：
至於造成差異的原因如下：
由於以上因素，使得祖師廟和其他廟宇卓然不同，因而造成了祖師廟的特殊風格。
三、各殿的分析
ぇ前殿
前殿的三川、五門同為假四垂式屋頂，在中間四點金柱升起，形成上簷，其掩風略以反曲線跨於下簷正脊之上，形成完整的山花牆，使上簷更有騎在下簷上的感覺。
長福巖的五門有附點步柱使得步口加大， 其形式可說是由「室仔頭」加上簷口及步柱而成，且三川和五門共用一山牆，就其效果來說，其前殿較強調立面的感覺。屋頂面共有六個 ，正面一共有二十九個屋脊，脊上皆有草尾飾及剪黏，形成繁複及華麗的效果。三川的山牆為燕尾式，兩側五門的山牆則是作成多角型的鵝頭。下簷的正脊也作出燕尾及垂脊，是屬於重簷式的作法。
長福巖的前殿較其他廟宇為獨特，最主要原因在其簷口的寬高比例，其三川約一點八 ，五門為一點九，比例較為瘦高，這也是其一項特徵。
え中殿
中殿為五開間重簷歇山型式，四週有迴廊，左、右、後三面為山牆，正面為劍門，並設有月台，月台前有龍陛，兩側有台階通丹墀；從基座至正脊寶塔頂端高度達20米，屋頂 面斜度已近四十五度，這種高下之勢，造成了十分壯觀的效果。
ぉ鐘鼓樓
鐘鼓樓築在廂房上，為六角形平面，三層簷攢尖型式，各屋簷皆作六條垂脊，脊飾草
上各盤有一龍；其木作部分頂部為一方形，串角向下稍有上揚。其造型精巧細緻，屋頂裝
飾為六龍護塔，寶塔甚高，使得整體造型更加尖峭。
お側殿及後殿
這一部分到目前為止仍在施工；後殿亦為二層，屋頂採假四垂式，正面寬為九開間，
亦分三川及五門，柱位和前殿對齊，進深甚小；但因都市規畫被畫為綠地，而無法興建，
成為一回字型的完整廟宇，現在正和縣政府溝通中。
四、負責建設的匠師
長福巖建廟的木作匠師是彬司派（陳應彬）的第子，有建前殿的陳田師、中殿的巳堂師、鐘鼓樓的次武師，以及側殿的張福松等等。彬司派的作品有幾項特徵：
而長福巖亦兼承了大部分的特徵。木雕方面匠師較多，而每個匠師都有其專長；最 初三川的木雕由黃紅圓（人稱龜理司，擅長人物雕刻）。其後五門施工時，又有李奐美、蕭博文、李松林等許多木雕匠師來到 。 在石作方面，最初頭手為蔣銀牆，其後分別是施天福、施弘毅、劉英宏等。
以上三部分匠師，最初興建三川是採承包制，但是匠人為了趕工期及成本的關係，無法作得很完善；從五門開始，所有匠人由廟裡聘雇，材料由廟裡採購，因此使施工品質提高許多。另外尚有剪黏匠師，前殿由石連池所作，中殿及鐘鼓樓則由林瑞芳所做。
長福巖自重建至今，所使用過的匠師實在是不可勝數，在漫長的建廟過程中，匠人來來去去已歷數代，有的老邁生病或者去逝，或者因待遇太低，或者自己開業，甚或有些被挖走。有這麼多匠人參與，可以說是空前絕後。由此又可看出長福巖在民間工匠技藝上的價值，是有多麼地珍貴了。
關於匠師部分，請見黃龜理簡介。